Mon expérience perso et pro me laissent penser qu'il y a plus de choses à ne pas faire que de choses à faire
Une machine neuve (ou fraîchement réinstallée) est en général dans un état de fonctionnement correct, c'est à l'usage que les choses se dégradent. S'il y a une chose à faire, c'est s'efforcer de la maintenir dans cet état.
Pour ça pas de miracle, je passe sur les classiques OS à jour, antivirus à jour, navigateur à jour.
La plus grande partie de vos problèmes informatiques viennent des programmes à la con qui vont vous installer 2 ou 3 toolbars pendant le process d'installation et des fichiers de vos amis, transmis par le réseau, par clé USB ou disque dur externe (surtout les programmes en fait)
Utilisez autant que possible un des logiciels ayant bonne réputation (si vous avez incredimail sur votre machine, c'est raté par exemple). Pour les fauchés, les logiciels libres type Firefox, VLC, Thunderbird et LibreOffice sont une bonne base pour répondre aux besoins basiques (web, audio/vidéo, mail et bureautique).
Les principes sont assez simples, mais la mise en pratique ne l'est pas toujours.
EDIT : Concernant les plugins firefox, j'utilise noscript, ça filtre beaucoup plus de choses (tout le javascript par défaut en fait), mais c'est plus contraignant à l'usage.