Si tu veux y finir tes études à mon avis la première chose à regarder sont
les cursus proposés, en fonction de tes préférences.
Pour le loyer, "cher" dans le sud, c'est pas le même "cher" que paris intramuros.
De plus, si certains loyers de l'hypercentre peut être inabordable, ça va tout de suite mieux dès que tu t'éloignes de quelques stations de tramway ou métro.
Le loyer est forcément corrélé au niveau de confort de l'appart donc c'est aussi une variable d'ajustement : vivre dans plus petit, sous les toits, à rez-de-chaussée, etc etc
Dans tous les cas renseigne toi vite pour ton changement d'école/fac, pour ne pas être pris de court par les dates limites, et si tu peux chercher ton appart en juin tu auras plus de choix qu'en septembre.
Perso j'aime bien toutes les villes que tu cites à part Nice que je connais pas. Montpellier est plus proche de la mer, Toulouse plus proche de la montagne, et Bordeaux plus proche de l'océan, si tu as une passion pour l'un ou l'autre ça peut être un critère.
Bordeaux c'est un peu plus bourge que Toulouse (sans offense) mais ça a un côté plus posé que j'aime bien, avec des beaux espaces publics depuis que les quais ont été réaménagés. Toulouse c'est plus hippie, une fois que tu as slalomé dans le côté rugby/occitan. Mais ça ce n'est que des grosses grosses généralités, en fait tout dépend des gens que tu rencontres, des lieux où tu sors.
En tout cas y'a pas une de ces trois villes où je te dirais de pas aller.
Sinon Lille c'est génial aussi

Mais pas pour la météo